| Filologi Indonesia: Teori dan Metode O Fathurahman Prenadamedia Group, 2015 | 125 | 2015 |
| Tarekat Syattariyah di Minangkabau O Fathurahman Prenadamedia Group, 2008 | 98 | 2008 |
| Tentang perempuan Islam: Wacana dan gerakan A Fauzia Gramedia Pustaka Utama, 2004 | 90 | 2004 |
| Tanbih al-masy: menyoal wahdatul wujud: kasus Abdulrrauf singkel di Aceh abad 17 O Fathurahman Mizan, 1999 | 89 | 1999 |
| Mutiara Terpendam: Perempuan dalam Literatur Islam Klasik A Munhanif Gramedia Pustaka Utama, 2002 | 77 | 2002 |
| Khazanah naskah: panduan koleksi naskah-naskah Indonesia sedunia H Chambert-Loir, O Fathurahman Yayasan Obor Indonesia, 1999 | 62 | 1999 |
| Jawa Barat, koleksi lima lembaga ES Ekajati Yayasan Obor Indonesia, 1999 | 59 | 1999 |
| Ithaf al-dhaki: tafsir wahdatul wujud bagi Muslim Nusantara O Fathurahman PT Mizan Publika, 2012 | 44 | 2012 |
| Filologi dan Islam Indonesia O Fathurahman Kementerian Agama RI Badan Litbang dan Diklat Puslitbang Lektur Keagamaan, 2010 | 39 | 2010 |
| Katalog naskah: dayah tanoh abee Aceh besar O Fathurahman Komunitas Bambu, 2010 | 38 | 2010 |
| Katalog Naskah Ali Hasjmy Aceh O Fathurahman, M Holil PPIM UIN Jakarta, 2007 | 35 | 2007 |
| From Anatolia to Aceh: Ottomans, Turks, and Southeast Asia AT Gallop, ACS Peacock British Academy, 2015 | 24 | 2015 |
| Islamisasi Jawa A Azra Studia Islamika 20 (1), 2013 | 19 | 2013 |
| Preservasi Naskah Klasik F Amin Jurnal Khatulistiwa LP2M IAIN Pontianak 1 (1), 89-100, 2011 | 18 | 2011 |
| Ithāf al-dhakī by Ibrāhīm al-Kūrānī: A Commentary of Wahdat al-Wujūd for Jāwī Audiences O Fathurahman Archipel, 177-198, 2011 | 15* | 2011 |
| Filologi dan penelitian teks-teks keagamaan O Fathurahman Buletin Al-Turas 9 (2), 107-122, 2003 | 14 | 2003 |
| Khazanah Naskah: Panduan Koleksi Naskah-Naskah Indonesia Se-Dunia HC Loir, O Fathurrahman Jakarta: EFEOYayasan Obor Indonesia, 1999 | 14 | 1999 |
| Menyoal Wahdatul Wujud Kasus Abdurrauf Singkel di Aceh Abad 17 O Fathurahman Bandung: Mizan, 1999 | 14 | 1999 |
| The roots of the writing tradition of hadith works in Nusantara: hidayat Al-Habib by Nur Al-Din Al-Raniri O Fathurahman Studia Islamika, 2012 | 13 | 2012 |
| Sejarah Pengkafiran dan Marginalisasi Paham Keagamaan di Melayu dan Jawa: Sebuah Telaah Sumber O Fathurahman Analisa, 447-474, 2011 | 13 | 2011 |
