| Character Building N Naim Jogjakarta: Ar-Ruzz Media, 2012 | 312 | 2012 |
| Pendidikan Multikultural N Naim, A Sauqi Konsep dan Aplikasi, 2008 | 301* | 2008 |
| Teologi kerukunan: mencari titik temu dalam keragaman N Naim Teras, 2011 | 39 | 2011 |
| Pengantar Studi Islam N Naim Yogyakarta: Teras, 2009 | 35 | 2009 |
| Islam dan pluralisme agama: dinamika perebutan makna N Naim Aura Pustaka, 2015 | 18 | 2015 |
| Sejarah pemikiran hukum Islam N Naim Lembaga Kajian Agama dan Filsafat (eLKAF), 2006 | 18 | 2006 |
| Pengembangan Pendidikan Aswaja Sebagai Strategi Deradikalisasi N Naim Walisongo: Jurnal Penelitian Sosial Keagamaan 23 (1), 69-88, 2015 | 6 | 2015 |
| Islam dan Pancasila: Rekonstruksi Pemikiran Nurcholish Madjid N Naim Epistemé: Jurnal Pengembangan Ilmu Keislaman 10 (2), 435-456, 2015 | 5 | 2015 |
| Abdurrahman Wahid: Universalisme Islam dan Toleransi N Naim KALAM 10 (2), 423-444, 2016 | 4 | 2016 |
| Mengembalikan Misi Pendidikan Sosial Dan Kebudayaan Pesantren N Naim Jurnal Pendidikan Islam UIN Sunan Gunung Djati 27 (3), 449-462, 2012 | 4 | 2012 |
| Membangun Toleransi dalam Masyarakat Majemuk Telaah Pemikiran Nurcholis Madjid N Naim Harmoni 12 (2), 31-42, 2013 | 3 | 2013 |
| Membangun Kerukunan Masyarakat Multikultural N Naim Harmoni 15 (1), 203-213, 2016 | 1 | 2016 |
| Kebangkitan Spiritualitas Masyarakat Modern N Naim KALAM 7 (2), 237-258, 2013 | 1 | 2013 |
| Pluralisme sebagai Jalan Pencerahan Islam: Telaah Pemikiran M. Dawam Rahardjo N Naim Jurnal Salam 15 (2), 2013 | 1 | 2013 |
| MYSTICO-PHILOSOPHY: The Integration Epistemologies of Mulyadhi Kartanegara N Naim | | 2019 |
| Deradicalization Through Islamic Education at State Institute for Islamic Studies (IAIN) Tulungagung N Naim MADANIA: JURNAL KAJIAN KEISLAMAN 22 (2), 211-224, 2018 | | 2018 |
| Islamic Jurisprudence for Diversity: From Theological-Normative Reason to Progressive Contextual Reasoning N Naim AL-'ADALAH 15 (1), 51-72, 2018 | | 2018 |
| The Development of Islamic Study Through The Study of Figures: Significance and Methodology N Naim AJIS: Academic Journal of Islamic Studies 2 (2), 147-166, 2017 | | 2017 |
| Radical Islam and the deradicalization strategy: Reconstruction of abdurrahman wahid’s thoughts N Naim Epistemé: Jurnal Pengembangan Ilmu Keislaman 12 (2), 481-505, 2017 | | 2017 |
| DERADIKALISASI BERBASIS NILAI-NILAI PESANTREN STUDI FENOMENOLOGIS DI TULUNGAGUNG N Naim AKADEMIKA: Jurnal Pemikiran Islam 22 (1), 129-152, 2017 | | 2017 |