| Character building N Naim Jogjakarta: Ar-Ruzz Media, 2012 | 757 | 2012 |
| Pendidikan Multikultural N Naim, A Sauqi Konsep dan Aplikasi, 2008 | 525* | 2008 |
| Menjadi guru inspiratif: memberdayakan dan mengubah jalan hidup siswa N Naim Pustaka pelajar, 2009 | 488 | 2009 |
| Dasar-Dasar Komunikasi Pendidikan N Naim Yogyakarta: Ar-Ruzz Media, 2011 | 208 | 2011 |
| Pengantar Studi Islam N Naim Yogyakarta: Teras, 2009 | 82 | 2009 |
| Teologi kerukunan: mencari titik temu dalam keragaman N Naim Teras, 2011 | 67 | 2011 |
| Rekonstruksi pendidikan nasional: membangun paradigma yang mencerahkan N Naim, K Aibak Teras, 2009 | 57 | 2009 |
| Islam dan pluralisme agama: dinamika perebutan makna N Naim Aura Pustaka, 2015 | 55 | 2015 |
| Materi Penyusunan Desain Pembelajaran Pendidikan Agama Islam (MPDP-PAI) N Naim, A Patoni Pustaka Pelajar, 2007 | 34 | 2007 |
| Sejarah pemikiran hukum Islam N Naim Lembaga Kajian Agama dan Filsafat (eLKAF), 2006 | 33 | 2006 |
| Pengembangan Pendidikan Aswaja Sebagai Strategi Deradikalisasi N Naim Walisongo: Jurnal Penelitian Sosial Keagamaan 23 (1), 69-88, 2015 | 15 | 2015 |
| Abdurrahman Wahid: Universalisme Islam dan Toleransi N Naim Kalam 10 (2), 423-444, 2016 | 12 | 2016 |
| Optimalisasi Peran Pendidikan dalam Pengembangan Ilmu dan Pembentukan Karakter Bangsa N Naim Jogjakarta: Ar-Ruzz Media, 2012 | 11 | 2012 |
| Islam dan Pancasila: Rekonstruksi Pemikiran Nurcholish Madjid N Naim Epistemé: Jurnal Pengembangan Ilmu Keislaman 10 (2), 435-456, 2015 | 10 | 2015 |
| Kebangkitan Spiritualitas Masyarakat Modern N Naim Kalam 7 (2), 237-258, 2013 | 7 | 2013 |
| Mengembalikan Misi Pendidikan Sosial Dan Kebudayaan Pesantren N Naim Jurnal Pendidikan Islam UIN Sunan Gunung Djati 27 (3), 449-462, 2012 | 7 | 2012 |
| Membangun Toleransi dalam Masyarakat Majemuk Telaah Pemikiran Nurcholis Madjid N Naim Harmoni 12 (2), 31-42, 2013 | 6 | 2013 |
| Kecerdasan Spiritual: Signifikansi dan Strategi Pengembangan N Naim Ta'allum: Jurnal Pendidikan Islam 2 (1), 36-50, 2014 | 4 | 2014 |
| Radical Islam and The Deradicalization Strategy: Reconstruction of Abdurrahman Wahid’s Thoughts N Naim Epistemé: Jurnal Pengembangan Ilmu Keislaman 12 (2), 481-505, 2017 | 3 | 2017 |
| Membangun Kerukunan Masyarakat Multikultural N Naim Harmoni 15 (1), 203-213, 2016 | 3 | 2016 |
