| Revitalisasi Pendidikan Islam S Ma'arif Graha Ilmu, 2007 | 318 | 2007 |
| Pendidikan pluralisme di Indonesia S Ma'arif Logung Pustaka, 2005 | 230 | 2005 |
| Guru profesional: harapan dan kenyataan S Ma'arif Need's Press, 2012 | 86 | 2012 |
| Education as a Foundation of Humanity: Learning from the Pedagogy of Pesantren in Indonesia S Ma'arif Journal of Social Studies Education Research (JSSER) 9 (2), 104-123, 2018 | 82* | 2018 |
| Pesantren inklusif berbasis kearifan lokal S Ma'arif Kaukaba, 2015 | 65 | 2015 |
| Pola Hubungan Patron-Client Kiai dan Santri di Pesantren S Ma'arif Ta'dib: Jurnal Pendidikan Islam 15 (02), 273-296, 2010 | 44 | 2010 |
| Pesantren vs. kapitalisme sekolah S Ma'arif Need's Press, 2008 | 43 | 2008 |
| Ideologi Pesantren Salaf: Deradikalisasi Agama dan Budaya Damai S Maâ IBDA: Jurnal Kajian Islam Dan Budaya 12 (2), 198-209, 2014 | 33 | 2014 |
| Transformative Learning Dalam Membangun Pesantren Berbasis Multikultural S Ma'arif Jurnal Pembangunan Pendidikan: Fondasi dan Aplikasi 1 (1), 2012 | 30 | 2012 |
| Selamatkan pendidikan dasar kita S Ma'arif Need's Press, 2009 | 30 | 2009 |
| Selamatkan pendidikan dasar kita S Ma'arif Need's Press, 2009 | 30 | 2009 |
| The beauty of Islam dalam cinta dan pendidikan pluralisme S Ma'arif Need's Press, 2008 | 20 | 2008 |
| Islam Dan Pendidikan Pluralisme: Menampilkan Wajah Islam Toleran Melalui Kurikulum PAI Berbasis Kemajemukan M Arfan Fikroh 6 (2), 100-127, 2022 | 18 | 2022 |
| Inklusivitas Pesantren Tebuireng: Menatap Globalisasi Dengan Wajah Tradisionalisme S Ma'arif, A Dardiri, D Suryo Jurnal Pembangunan Pendidikan: Fondasi dan Aplikasi 3 (1), 81-94, 2015 | 15 | 2015 |
| School culture di madrasah dan sekolah S Ma'arif, A Kholiq, MZ Elizabeth Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat, IAIN Walisongo, 2013 | 14 | 2013 |
| Rintisan Sekolah Berstandar Internasional: Antara Cita dan Fakta S Ma’arif WALISONGO: Jurnal Penelitian Sosial Keagamaan 19 (2), 399-428, 2011 | 8 | 2011 |
| Mengembalikan Fungsi Sekolah untuk Proyek Kemanusiaan S Ma’arif Jurnal EDUKASI “Deinstitusianalisasi Pendidikan, 2004 | 7 | 2004 |
| Pesantren Inklusif Berbasis Kearifan Lokal: Studi Etnografi Pesantren Tebuireng Jombang S Ma’arif Disertasi. Yogyakarta: Program Pascasarjana, Universitas Negeri Yogyakarta, 2014 | 4 | 2014 |
| Pemahaman Keberagamaan dan Gerakan Kelompok FPI Surabaya S Ma’arif Jurnal Theologia 23 (2), 309-335, 2017 | 3 | 2017 |
| Nalar Anarkisme Agama-Agama: Antara Doktrin dan Realitas Sejarah S Ma’arif Harmoni 9 (36), 10-24, 2016 | 2 | 2016 |
